A finales del siglo XIX las relaciones entre la Iglesia y el Estado eran complejas. El presbítero Joaquín Larraín Gandarillas, en esos años, planteaba la necesidad de establecer una universidad libre, distinta a la del Estado, donde se formaran científicos y profesionales, inspirados por los valores católicos, tal como se hacía en Lovaina, París, Lyon, Quebec y Washington. En 1887 Joaquín Larraín Gandarillas encabezó al grupo de católicos que deseaba la fundación de una universidad católica en Chile. Si bien el arzobispo de Santiago, Monseñor Mariano Casanova, no estaba del todo convencido, la influencia de Larraín Gandarillas fue clave para que se concretara. El 21 de junio de 1888, el arzobispo Casanova publicó el decreto de inauguración de la Universidad Católica, y Joaquín Larraín se convirtió en su primer rector. Su fundación respondió a la necesidad de crear una universidad confesional, como alternativa al laicismo en la educación superior. La primera actividad oficial de la naciente universidad fue una asamblea solemne para dar a conocer los objetivos de la institución e iniciar una campaña de recolección de fondos en septiembre de ese mismo año. En noviembre la Junta Promotora de la universidad decidió pedir la especial protección del Sagrado Corazón de Jesús, el que se convirtió en el patrono de la universidad y en cuya celebración el rector entrega su cuenta anual hasta el día de hoy. La universidad comenzó a funcionar en marzo de 1889 en la sede del Círculo Católico, con dos facultades: la de Derecho y la de Ciencias Físicas y Matemáticas. Durante la guerra civil que vivió Chile en 1891, el gobierno mandó a cerrar los establecimientos de educación superior públicos y particulares. En julio de ese año, el arzobispo Casanova pensó seriamente clausurar la universidad hasta que los tiempos fueran más propicios. Pero monseñor Larraín Gandarillas no se dio por vencido, y poco después de terminada la revolución, en septiembre de ese año, la universidad comenzó a arrendar una casa en calle Bandera y poco después, otra en calle Alameda. Esto convenció al rector de la necesidad de contar con una sede propia. Escogió el barrio entre las calles Lira y Maestranza (hoy calle Portugal), y en sus últimos años de vida se dedicó silenciosamente a comprar una por una, las casas situadas en esa manzana, con dinero propio o donaciones. Desde que Monseñor Larraín Gandarillas se convirtió en rector dedicó por completo su vida y su fortuna a la Universidad Católica. Al morir el 26 de septiembre de 1897, la mitad de ese terreno ya pertenecía a la Universidad.